Avancerat sökverktyg gör proteinatlasen ännu bättre
En atlas över människans alla proteiner håller på att sammanställas av svenska forskare vid Uppsala universitet och KTH. Den kan bli ett kraftfullt verktyg för diagnos och prognos av cancersjukdomar och hittills finns 3014 proteiner listade. Nu har forskargruppen utvecklat en funktion som gör det snabbt och smidigt att hitta vad man söker i atlasen.
De nya rönen beskrivs i majnumret av den vetenskapliga tidskriften Molecular and Cellular Proteomics. Människans proteiner är involverade i det närmaste alla viktiga fysiologiska funktioner och små förändringar hos proteiner kan ge upphov till sjukdom.
Det svenska HPA-projektet (Human Protein Atlas) arbetar med att kartlägga människans proteiner och alla resultat presenteras i en publik databas där för närvarande 3014 proteiner finns listade. I höst beräknas 6000 proteiner vara inlagda i databasen. För varje protein finns en sammanställning med bilder som visar hur proteinet förekommer i 48 olika normala vävnader och i 20 olika typer av cancervävnader. Tidigare har det endast varit möjligt att genomsöka databasen med hjälp av namnet på en gen eller en kromosom, men med den nya avancerade funktionen förbättras sökmöjligheterna avsevärt.
– Man kan söka utifrån hur proteinet uttrycks i olika vävnader, till exempel en frisk vävnad i förhållande till en tumör. Det går också att söka på proteiner som finns i stor mängd i en cancervävnad, men inte i en annan och man kan ange flera kriterier samtidigt, säger Cecilia Lindskog, doktorand inom projektet.
Atlasen kommer att kunna användas för att finna proteiner som kan vara intressanta ur en diagnostisk eller prognostisk synvinkel. Proteiner kan exempelvis användas för att ”leta upp” en skadlig förändring i en cell eller vävnad. Tidig diagnostik, liksom bättre möjlighet att göra en riktig prognos, är en mycket viktig framtidsfråga för sjuk- och hälsovården eftersom det innebär att behandlingsresurserna kan användas för de mest behövande och på ett tidigare stadium.
Kontaktinformation
För mer information, kontakta Fredrik Pontén, 018-611 38 46, 073-041 39 91, e-post: Fredrik.Ponten@genpat.uu.se eller Cecilia Lindskog, tel: 018-471 50 33, 073-314 54 47, e-post: Cecilia.Lindskog@genpat.uu.se
