Rätt tolkning av bild kan visa vilket läkemedel som kan bli bäst

– I min avhandling visar jag hur digital bildanalys kan hjälpa läkemedelsforskarna att förstå hur proteiner ser ut. Det kan hjälpa dem att snabbare ta fram nya läkemedel, säger Magnus Gedda.

Ett protein är en mycket liten molekyl, men trots det finns idag metoder att med så kallad elektrontomografi skapa tredimensionella bilder av proteiner, både i deras naturliga miljö och i lösningar. Men bilderna är oskarpa och innehåller mycket ”skräp”. Det är också både tidskrävande och svårt att analysera dem, vilket leder till att olika forskare ofta gör olika bedömningar. För att kunna dra säkra slutsatser om proteinernas form och funktion behövs därför väldigt många bilder.

Med matematiska metoder kan datoriserad bildanalys göra en hel del av analyserna automatiskt. Resultatet blir dessutom detsamma varje gång. Magnus Gedda har tagit fram nya metoder för att hitta proteinmolekylerna i bilderna. Den nya bildanalysmetoden hanterar tre dimensioner, vilket är en större utmaning än med två.

– Dessutom mäter mina program molekylernas former, till exempel hur krökt molekylen är, vilket är av stor vikt när man ska ta fram nya läkemedel, säger Magnus Gedda.

Ett proteins funktion påverkas nämligen av hur det ser ut och hur det uppför sig i närheten av andra molekyler. Formen kan dessutom variera beroende på var proteinet befinner sig och på att det naturligt rör sig. Det är bland annat proteinets form som avgör om det kan koppla ihop sig med andra ämnen, molekylerna måsta passa ihop som nyckeln och lås. Därför behöver läkemedelsforskarna förstå dessa egenskaper hos proteinerna för att kunna skapa nya effektiva läkemedel.

Kontaktinformation
För mer information, kontakta Magnus Gedda, mobilnummer: 073-671 74 52 eller magnus.gedda@cb.uu.se