Guide för DNA-sekvenser kan förhindra feldata
DNA-sekvensdata är en oumbärlig informationskälla inom biologin. Men alla data är inte tillförlitliga. Närmare tio procent av alla insamlade DNA-sekvenser från svamp har till exempel visat sig ha felaktigt artnamn. Därför har ett forskarlag med nav i Göteborgs universitet utarbetat en guide för underlätta kvalitetskontrollen.
I en ny vetenskaplig studie samlar forskarna en rad riktlinjer för att underlätta för andra forskare att säkerställa en hög kvalitetsnivå hos sina nygenererade DNA-sekvenser.
Möjliggör detaljerade studier
DNA-sekvenser gör det möjligt att i detalj studera biologiska prover och miljöer där vanliga hjälpmedel som mikroskop inte räcker till -, man kan till exempel undersöka vilka arter som förekommer i jordprover och havsvatten. Ofta visar sådana studier på en förbluffande och hittills okänd mångfald, och biologin har gjort stora landvinningar i takt med att DNA-baserade metoder fått allt större spridning.
Kvaliteten varierar
Men precis som många andra informationskällor varierar DNA-sekvenser i kvalitet och tillförlitlighet. Ett flertal studier har påvisat avsevärda kvalitetsproblem i de befintliga DNA-sekvensdatabaserna.
Att säkerställa kvalitén hos nygenererade DNA-sekvenser har därför blivit en viktig uppgift inom de biologiska vetenskaperna.
– Många forskare uppfattar kvalitetskontrollen som svår. Det finns helt enkelt inget rättesnöre som man kan sätta i händerna på såväl nya som etablerade forskare för att ge dem en gemensam grund. Därför råder stora skillnader i hur, och i vilken utsträckning, kvalitetskontroll utövas i forskarsamfundet, säger Henrik Nilsson vid Göteborgs Universitet.
Han är huvudförfattare till en ny vetenskaplig artikel om DNA-sekvenskvalitet publicerad i open access-tidskriften MycoKeys.
Svårhanterliga datorprogram
En komplikation är att de datorprogram som finns tillgängliga för att sköta delar av kvalitetskontrollen är svårhanterliga och ofta kräver väsentlig datorkapacitet. Det är inte rimligt att begära att alla forskare inom biologin har tillgång till, och kan hantera, sådana komplexa datorsystem, anser forskargruppen.
Därför har de i en artikel beskrivit hur kvalitetskontrollen kan göras för hand, utan andra verktyg än en webbläsare.
Guide som kan användas av många
Artikeln är en guide som sammanställer en rad principer och observationer kring DNA-sekvenser i olika kvalitetsstadier. Den har en tonvikt på svampar, där DNA-sekvenser har fått särskilt stort genomslag som forskningsverktyg, men guidens riktlinjer är generella och kan användas för de flesta gener och organismgrupper.
Riktlinjerna avser den traditionella DNA-sekvensering som ofta används inom systematik, taxonomi och ekologi.
Forskarnas förhoppning är att guiden ska hjälpa läsarna att förfina sina DNA-sekvenser så att utvecklingen, att andelen undermåliga DNA-sekvenser i sekvensdatabaserna ökar, bryts.
HÄR FINNS GUIDEN
http://dx.doi.org/10.3897/mycokeys.4.3606
