Ny databas underlättar studier av sjukdomsgener
Nu har forskare vid Centrum för genomik och bioinformatik vid Karolinska Institutet utvecklat en ny databas som kallas OrthoDisease. Databasen är ett slags sökinstrument för forskare som vill leta efter ortologer till sjukdomsframkallande proteiner, ett ortologt protein är ett protein som hittas i två olika arter och som härstammar från samma protein i den senaste gemensamma anfadern.
Att identifiera ortologer är av stort intresse eftersom de oftast har samma eller snarlika funktioner.
OrthoDisease använder sig av de kartlagda genomen – arvsmassorna – för sju olika eukaryota arter. Sökfunktionen i OrthoDisease grundar sig på ett annat sökprogram, InParanoid, och National Institute of Healths mänskliga gendatabas, OMIM. InParanoid utvecklades för några år sedan av samma forskargrupp som nu tagit fram OrthoDisease och kan användas till att söka efter grupper av s.k. inparaloger. Om en ortolog dupliceras så blir de två kopiorna inparaloger.
För forskarna vid Karolinska Institutet kan OrthoDisease exempelvis komma att bli användbar vid studier av olika sjukdomsgener. Genom att helt enkelt mata in namnet på den sjukdom man är intresserad av är det möjligt att få upp information om vilka gener som visats vara förenade med sjukdomen och vidare vilka olika organismer de olika riskgenerna kartlagts i.
OrthoDisease kan också ge vägledning vid utvecklande av nya djurmodeller. Ofta har ett ortologt protein samma, eller åtminstone liknande, funktion i de två arterna. Har man själv hittat ett protein hos människa men ännu inte vet vad proteinet har för funktion kan man med hjälp av OrthoDisease eller InParanoid söka efter proteinet i någon annan art, exempelvis mus. Musen kan sedan användas som modellorganism för att exempelvis ta reda på i vilka vävnader proteinet uttrycks eller hur den gen som kodar för proteinet reagerar på ett läkemedel eller toxiskt ämne.
OrthoDisease söker också i genomen för E.coli, en bakterie som ofta används i molekylärbiologiska och genteknologiska studier. Även bananflugans arvsmassa finns representerad, något som kan underlätta för många genetiker, då bananflugan är en utmärkt organism för studier av olika nedärvningsmönster.
OrthoDisease är inte bara tillgänglig för forskarna vid Karolinska Institutet utan är en kostnadsfri tjänst för vem som helst med Internetuppkoppling. OrthoDisease och information om tjänsten hittas på webbadressen http://orthodisease.cgb.ki.se
Databasen publicerades nyligen i tidskriften Human Mutation. I en artikel i senaste BiotechSweden (nr 19, s. 17) intervjuas en av skaparna av OrthoDisease, Eriks Sonhammer. Där berättar han bland annat att man för närvarande arbetar med att lägga in de tio nya genomen som kartlagts sedan den första versionen av OrthoDisease, något som kommer att göra OrthoDisease än mer värdefull för forskare med intresse för gener och proteiner.
Kontaktinformation
För mer information kontakta:
Erik Sonnhammer, forskare vid centrum för genomik och bioinformatik (CGB), Karolinska Institutet, tel: 08-524 863 95, e-mail: Erik.Sonnhammer@cgb.ki.se
