Omfattande kartläggning av cellens proteiner
Mer än 1400 proteiner som tillhör cellens sekretoriska passage har kartlagts av forskare vid Sahlgrenska akademin i samarbete med kanadensiska kollegor. 230 av proteinerna var tidigare helt okända.
Studien är genomförd i samarbete med ett forskarlag vid McGill University i Montreal. Resultaten presenteras i det senaste numret av den högt ansedda medicinska tidskriften Cell.
– Vårt arbete blir en resurs för forskarsamhället. Resultaten öppnar massor av möjligheter för andra cellbiologer och kartläggningen kommer att vara till hjälp under lång tid framöver, säger Tommy Nilsson, professor i funktionell morfologi.
I den mänskliga cellen finns omkring 23 000 olika gener. Nästan alla gener kodar för var sitt protein som i sin tur har olika uppgifter. Många av proteinerna tillverkas, mognar och kvalitetskontrolleras i ett område inne i cellen som kallas den sekretoriska passagen.
– Minst 150 olika sjukdomar beror på att proteiner i den sekretoriska passagen inte mognar som de ska och därför inte kan passera kvalitetskontrollen. Ju mer kunskap vi får om varför dessa proteiner inte kan släppas ut till cellens yta desto större möjligheter får vi att kunna bota dessa sjukdomar, säger Johan Hiding, doktorand vid Sahlgrenska akademin.
Studierna visar att leverns sekretoriska passage består av mer än 1400 proteiner. 230 av dessa proteiner är helt nyupptäckta. Forskarna har också kunnat gruppera proteinerna efter deras funktion i cellen och i kroppen.
Sedan människans arvsmassa kartlades vet forskarna exakt vilka aminosyror som ingår i alla de proteiner som generna kodar för. De två forskarlagen har använt ett särskilt enzym som kallas trypsin för att klippa proteinerna i olika stora bitar. Genom att sedan noggrant mäta storleken på olika fragment har forskarna kunnat identifiera vilka protein det rör sig om.
Forskarna har även räknat hur många fragment av varje protein som passerat det känsliga mätinstrumentet.
– Det ger oss en bild av proteinernas inbördes mängd. Det är oerhört viktig information eftersom olika sjukdomar ofta ger upphov till ändringar i proteinernas inbördes nivå. När vi inte vet så mycket om en viss sjukdom kan vi gå på jakt efter proteiner som skiljer sig mellan en sjuk och en frisk person, säger Johan Hiding.
Forskargruppen vid Sahlgrenska akademin ska nu göra en liknande kartläggning av kroppens fettceller. Målsättningen är att hitta proteiner som reglerar förbränningen av kroppens fett.
– Sjukdomstillstånd som är kopplade till fetma är ett av våra största samhällsproblem. Idag dör fler människor som en konsekvens av övervikt än av svält. Att kunna stimulera fettförbränningen vore då önskvärt, säger Tommy Nilsson.
Tidskrift: Cell
Artikelns titel: Quantitative Proteomics Analysis of the Secretory Pathway
Författare: Annalyn Gilchrist, Catherine E. Au, Johan Hiding, Alexander W. Bell, Julia Fernandez-Rodriguez, Souad Lesimple, Hisao Nagaya, Line Roy, Sara J.C. Gosline, Michael Hallett, Jacques Paiement, Robert E. Kearney, Tommy Nilsson, John J. M. Bergeron.
Gilchrist, Au och Hiding delar på första författarskapet medan Nilsson och Bergeron delar på sista författarskapet.
Kontaktinformation
För mer information kontakta:
Professor Tommy Nilsson, vetenskaplig manager vid Proteomikenheten vid Sahlgrenska akademin, telefon: 031-773 36 06, e-post: tommy.nilsson@medkem.gu.se
Johan Hiding, cellbiolog, telefon: 031 – 773 36 23, 070-930 80 70, e-post: johan.hiding@medkem.gu.se
