Storsatsning på världens bästa DNA-teknik- nytt centrum vid KTH och Uppsala universitet
Genom ett anslag från Alice och Knut Wallenbergs Stiftelse får svenska forskare nu tillgång till världens kraftfullaste verktyg för avkodning av DNA. Den nya teknologin gör det möjligt att sekvensbestämma bakteriers och virus hela arvsmassa i en enda analys.
Anslaget är gemensamt för institutionen för genteknologi vid Skolan för bioteknik på KTH och institutionen för genetik och patologi vid Uppsala universitet. Där kommer forskarna snart att kunna studera även mer komplexa organismers arvsmassa i sin helhet med den nya teknologin, s k metagenomisk sekvensanalys.
– Intresset för teknologin från övriga svenska forskningssäten har varit enormt och ett stort antal samarbeten har redan påbörjats, vilket är otroligt kul. Detta är en fantastisk resurs för hela Sverige, säger Joakim Lundeberg, professor vid institutionen för genteknologi, och ansvarig för centrats verksamhet vid KTH.
Ett första instrument har redan installerats vid institutionen för genteknologi vid Skolan för bioteknik på KTH. Det kan generera DNA-data motsvarande 20 miljoner baser på i runda tal fem timmar, något som skulle ta månader eller år med motsvarande tidigare tekniker. I ett första experiment har man lyckats bestämma arvsmassan till en tidigare okaraktäriserad bakterie som ofta påträffats hos sjuka svenska älgar.
– Vid den första körningen genererades inte mindre än 32 miljoner baser av högkvalitativ sekvensdata, vilket ger blodad tand inför framtida projekt, säger Joakim Lundeberg.
Instrumentet är en Genome Sequencer 20, från 454 Life Sciences och Roche Diagnostics, och är det första exemplaret i Sverige. Teknologin i maskinen är baserad på KTH-professorn Pål Nyréns tidigare innovation Pyrosekvensering. Inom en snar framtid kommer centrat också att få tillgång till ännu kraftfullare teknologi, vilket innebär att det även blir möjligt att avkoda arvsmassan hos högre organismer.
– Människans arvsmassa är 3 000 gånger större än en bakterie, och med de instrument som håller på att utvecklas kommer även analyser av denna storlek att bli möjliga; det öppnar helt nya möjligheter att förstå orsakarna till många av våra folksjukdomar, säger professor Ulf Gyllensten och ansvarig för Uppsala universitets del i samarbetet.
Det nära samarbetet mellan de två universitetsinstitutionerna innebär att instrumenten kommer att användas optimalt och de erfarenheter som byggs upp kommer många andra forskargrupper tillgodo. Svenska forskare står nu i kö för att använda denna instrumentering.
Bland de projekt som skall genomföras finns studier av variationen i HIV och många andra sjukdomsorsakande virus, bakterieflorans sammansättning i mag-tarmkanalen, svenska sjöars bakterievärld, analyser av olika egenskaper hos husdjur och analyser av flera sjukdomar hos människa.
I princip är antalet applikationer av den nya teknologin oändligt. Alla levande organismer har en arvsmassa bestående av DNA, och ju mer vi människor kan ta reda på om denna desto mer kommer vi att veta om oss själva och vår omvärld.
– Detta kommer att bidra till utvecklandet av nya biomarkörer för viktiga sjukdomar som cancer och AIDS och på sikt till nya läkemedel och behandlingsmetoder, säger Ulf Gyllensten.
Kontaktinformation
Kontaktperson KTH:
Joakim Lundeberg, Skolan för bioteknik, 070-458 23 46, joakim.lundeberg@biotech.kth.se
Kontaktperson Uppsala universitet:
Ulf Gyllensten, institutionen för genetik och patologi, 070-899 34 13, ulf.gyllensten@genpat.uu.se
