Dataprogram sållar i den genetiska floden
Med modern teknik för genetisk kartläggning blir floden av genetiska uppgifter snabbt enorm. Hur ska man kunna bedöma vilka små genetiska avvikelser som har en medicinsk betydelse, och vilka som är helt betydelselösa? Forskare i Finland och vid Lunds universitet har utvecklat ett dataprogram som kan stå för den första sållningen.
Ett vanligt sätt att göra genetiska analyser är att kartlägga ”snippar”. Ordet står för SNPs, Single Nucleotide Polymorphisms, punkter i genomet med avvikelser som berör bara en enda nukleotid i DNA-spiralen.
Enligt en uppskattning har människan bland sina kodande gener omkring 20 000 punkter där sådana variationer brukar förekomma. Att i laboratoriet undersöka vad alla dessa variationer betyder för olika sjukdomar är inte möjligt – det skulle kräva alldeles för mycket tid och resurser.
– Men man kan bedöma deras effekt på funktionen hos det protein som den aktuella genen kodar för. Proteinet kanske blir felveckat eller instabilt, eller också kanske det inte kan fungera som enzym eller binda till en receptor på rätt sätt, säger Mauno Vihinen. Han är professor i medicinsk strukturbiologi vid Lunds universitet.
Mauno Vihinen och hans medarbetare har utarbetat ett dataprogram som kombinerar fem olika sätt att förutse vad en SNP-variation kan få för effekt på ett protein. Programmet har döpts till PON-P, Pathogenic-or-Not-Pipeline.
Dataprogrammet har testats bl.a. på celler från malignt melanom. PON-P sållade fram 17 genvarianter som bedömdes kunna skada det protein som respektive gen kodar för. Detta stämde bra med laboratoriestudier av melanomceller, enligt vilka 9 av de 17 utpekade varianterna verkar spela en roll för sjukdomens uppkomst.
Studier av genomet i cancertumörer har visat att varje patient har en egen, unik kombination av genförändringar som lett fram till tumören. För att kunna ge en individanpassad behandling behöver sjukvården därför snabbt få en bild av de skadliga genvarianterna hos respektive patient, menar forskarna.
PON-P är gratis tillgängligt på http://bioinf.uta.fi/PON-P/. Enligt Mauno Vihinen är programmet än så länge mest avsett för forskning, men det kan också redan nu användas för kliniska tester.
– Tanken är inte att PON-P ensamt ska användas för att ställa en diagnos. Det måste kombineras med andra metoder. Men vi tänker oss att det kan vara användbart som ett första steg, menar Mauno Vihinen.
INFORMATION OCH KONTAKT
En artikel om programmet är publicerad i tidskriften Human Mutation, se http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/humu.22102/pdf. Mauno Vihinen nås på 072-5260022 och mauno.vihinen@med.lu.se
