Blixtsnabb bildanalys främjar medicinutveckling
Klas Magnusson, forskare på avdelningen för signalbehandling på KTH, har tillsammans med några andra forskarkollegor utvecklat en teknik för automatiserad bildanalys inom området cellbiologi. Metoden, som reducerar behovet av manuellt arbete med 90 procent, har precis testats vetenskapligt och mycket framgångsrikt på Stanford University i USA.
– Jag tror att denna teknik kommer att bli ett viktigt verktyg för de som forskar om och jobbar med cellbiologi, precis som mikroskop och DNA-sekvensering är viktiga verktyg idag. En betydelsefull standardteknologi som biologer kommer att använda sig av rutinmässigt i framtiden, säger Klas Magnusson.
Anledningen till detta är enkel.
– Vi kan med tekniken ta bort över 90 procent av det manuella arbetet när det gäller att spåra celler i bildsekvenser. Metoden ger tillförlitlig information och utökar möjligheterna till framgångsrik biomedicinsk forskning, säger Klas Magnusson.
Han tillägger att han i förlängningen tror att det går att helt och hållet göra sig kvitt allt manuellt analysarbete.
Tekniken ska i framtiden kunna användas i biomedicinsk forskning som syftar till att förbättra tillvaron för patienter med ett flertal olika diagnoser, till exempel Duchennes muskeldystrofi och blodcancer. Varje år drabbas nämligen 10 svenska barn av sjukdomen Duchennes muskeldystrofi, vilket är en dödlig diagnos. Varje år får också 1 000 barn i Sverige blodcancer.
Forskningsresultatet innebär alltså nytt hopp för dessa patienter då Klas Magnusson och hans kollegors teknik i framtiden kan leda till att människorna som drabbats av dessa två sjukdomar både får ett längre och drägligare liv.
Vad gäller tidsvinsten med den nya analysmetoden så tar det idag 1 arbetsdag med automatik att göra det analysarbete som tidigare tog 10 dagar manuellt.
– Dessutom ger programmet betydligt mycket mer information jämfört om vi hade spårat cellerna manuellt, säger Klas Magnusson.
Tekniken kan också efter viss förädling användas till andra ändamål, som trafikanalys, som del av väderprognoser med moln eller andra situationer där det gäller att följa olika objekt som rör sig i en bild.
Här följer en mer detaljrik beskrivning av tekniken
Den automatiserade analysprocessen utgår ifrån datorseende som kombinerar signal- och bildbehandling med programmering. Processen går till så att bilden först förbehandlas: den stabiliseras, man tar ut de områden som är intressanta och tar bort bakgrunden. Därefter segmenteras cellområdena ut och bilden delas upp i bakgrund och förgrund. Därefter måste man para ihop de tänkbara cellerna, se vilken cell som vandrat vart och vilka som har delat sig så att man slutligen får fram ett släktträd över cellerna.
INFORMATION OCH KONTAKT
Forskningsprojektet är ett samarbete mellan KTH och Stanford, och arbetet vid KTH har finansiering från Vetenskapsrådet (VR).
För mer information, kontakta Klas Magnusson på +1 650 430 32 49 (notera tidsskillnad om -9 timmar), 073 – 037 20 55 eller klasma@kth.se.
