Storskalig studie visar genetiska varianters påverkan på proteininnehåll i blodplasma
Forskare från Uppsala universitet och Leiden University Medical Center har i världens hittills största masspektrometriska proteomikstudie kartlagt hur genetiska varianter påverkar proteininnehållet i blodplasma. Metoden kan både kvantifiera och sekvensbestämma människans proteinprofil – till stor nytta inom forskningen om sjukdomar.
Den aktuella studien, som denna vecka publiceras i den ansedda tidskriften PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences) presenterar den första storskaliga identifiering av genetiska varianter som påverkar människans proteinprofil i blodplasma.
Det humana genomet består av drygt 20 000 gener som kodar för olika protein. Såväl koncentrationen som strukturen på ett protein spelar en viktig roll i etiologi, diagnos och behandling av olika sjukdomar. Det är sedan tidigare känt att genetiska varianter har en stor påverkan på olika geners aktivitet. Dock är effekterna av de genetiska varianterna på proteomet till stor del outforskad. Detta beror till stor del på bristen på storskaliga metoder för proteomikanalyser.
I den aktuella studien har 1056 peptider, som representerar 163 olika proteiner, identifierats och kvantifierats i plasma från 1060 personer genom storskalig masspektrometri. Nivåerna från nästan en femtedel av peptiderna visade på hög ärftligheten och totalt 60 peptider påverkades av en genetisk variant. Bland de genetiska varianterna hittades de som påverkade nivån av peptider men också de som förändrar aminosyrasekvensen i ett protein. Några av de genetiska varianterna reflekterade också välkända sjukdomsvarianter, såsom Apo E4, som har visat sig öka risken för Alzheimers sjukdom.
Resultaten från studien visar att storskalig masspektrometri är en mycket lovande metod för att studera människans proteinprofil, eftersom den tillåter både kvantifiering och sekvensbestämning av individuella proteiner. En bättre förståelse av genomets påverkan på plasmaproteomet är viktigt för att hitta biomarkörer och terapeutiska metoder för många vanliga sjukdomar.
Länk till studien på tidskriftens webbplats: http://www.pnas.org/content/early/2013/03/01/1217238110.abstract?sid=eddf7475-2d89-46a3-88b9-2b4c8907b379
