Den första stora vävnadsanalysen av människans proteiner
I november 2014 släpptes den fullständiga versionen av proteinatlasen. Nu kommer den första riktigt stora analysen baserad på kartläggningen, ett arbete som precis publicerats i Science. Analysen har möjliggjort en detaljerad bild av proteiner kopplade till cancer, hur många proteiner som befinner sig i blodet och en kartläggning av alla läkemedel som finns på marknaden.
– Analysen visar konkret vilka konsekvenser proteinatlasen har för människan och människans sjukdomar. Fokus ligger på var kroppens byggstenar, det vill säga proteinera, återfinns i kroppen. Människokroppen består som bekant av 20 000 proteiner, och det forskarna gjort nu med hjälp av proteinatlasen är gå igenom samtliga och alltså fokusera på var i människokroppen proteinerna återfinns. Analysen består av en vävnadsbaserad karta som bygger på data från proteinatlasen, det vill säga en analys av informationen som databasen innehåller, berättar Mathias Uhlén.
Han är professor i mikrobiologi vid KTH och verksam vid Science for Life Laboratory. Han är därtill den som ansvarat för analysarbetet där även Uppsala Universitet, Karolinska institutet, Chalmers, Lunds universitet och Stockholms universitet varit verksamma.
– Självklart är det oerhört intressant att få bidra till att klassificera människans alla byggstenar. I den analys som nu publiceras i Science har vi gått igenom vilka olika proteiner som finns i lever, njurar och andra delar av människokroppen. Resultatet beskriver också vilka proteiner som enbart återfinns i njurar, lever, hjärna och så vidare. I proteinatlasen kan man söka på ett specifikt protein och se var den förekommer, men också undersöka proteinerna från en annan vinkel, det vill säga vilka som är involverade i cancer och andra sjukdomar men också i njurar och resten av kroppens organ, säger Mathias Uhlén.
Han fortsätter med att berätta att det inom ramen för analysarbetet gjorts en studie av hur många proteiner som sitter i cellmembranet respektive återfinns i blodomloppet. Cirka 3 000 av människans proteiner bedöms transporteras ut ur cellerna, medan ytterligare 5 000 är membranbundna. Det är viktig kunskap för läkemedelsindustrin.
– Vår analys visar att 70 procent av läkemedlen idag riktar in sig mot proteiner som antingen finns utanför cellerna eller på ytan. I analysarbetet har också en studie av samtliga läkemedlen som finns på marknaden utförts genom att anlysera de 618 proteiner som dessa läkemedel är riktade mot. 30 procent av dessa proteiner återfinns i varenda cell i kroppen. Detta är intressant information för läkemedelsforskning och kan förklara en del av de problem och biverkningar som vissa läkemedel dras med, säger Mathias Uhlén.
Han tillägger att i en annan del av analysarbetet har de tillsammans med forskare från Chalmers tittat på människans ämnesomsättning.
– Vi har tagit reda på vilka proteiner, det vill säga enzymer, som står för de kemiska reaktioner som ämnesomsättningen består av. De flesta sker i alla celler i kroppen, men vi kan också se att människans lever har en mängd specialiserade reaktioner. Detta kan ha betydelse för forskning kring övervikt och hur omsättningen av fett och energi går till i kroppen, säger Mathias Uhlén.
Den fullständiga versionen av proteinatlasen släpptes den 6 november 2014 och kan nås via projektet webbplats: www.proteinatlas.org. Artikeln i Science bär titeln ”Tissue-based map of the human proteome” och kan läsas på webben.
Kontaktinformation
Mathias Uhlén på 08 – 55 37 83 25 eller mathias@biotech.kth.se
