Kriminalteknisk DNA-analys kan kontrollera odlade cellers ursprung
Cellinjer är odlade celler som ofta används för medicinsk forskning. Men forskare från Uppsala visar nu att sådana celler inte alltid är de man tror. Genetiska analyser visar att en väl använd cellinje som etablerades i Uppsala för nästan femtio år sedan har ett annat ursprung än den patient som den uppges komma ifrån. Upptäckten som gjordes med hjälp av så kallad DNA fingerprinting, har nu publicerats i tidskriften Science Translational Medicine.
Uppsalaforskarna expert på så kallad DNA fingerprinting. fynd har nu publicerats i tidskriften Science Translational Medicine.
En cellinje består av odlade celler och kommer ofta från en tumör. Till skillnad från andra odlade celler kan tumörceller dela sig ett oändligt antal gånger och en cellinje kan därmed hållas i odling under många år. Den är också lätt att studera, enkel att hantera och ger reproducerbara resultat. Cellinjer är därför oumbärliga för medicinsk forskning och det finns ett stort antal cellinjer som ursprungligen kommer från många olika sorters tumörer.
Expert på DNA fingerprinting hjälpte till
Forskare som studerar hjärntumörformen gliom använder sig ofta av en linje som kallas U87MG och som etablerades vid Uppsala universitet för nästan femtio år sedan. Den finns numera allmänt tillgänglig från American Type Culture Collection (ATCC) och forskare kan beställa den därifrån för att använda i sina försök.
Bengt Westermark är seniorprofessor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, som institutionen där U87MG etablerades numera heter. Hans forskargrupp har ofta använt den ursprungliga U87MG-linjen och han började misstänka att cellinjen som finns vid ATCC skiljer sig från den ursprungliga linjen.
Vid samma institution finns också Marie Allen som är expert på så kallad DNA fingerprinting. Det är en teknik som används för att fastställa genetisk identitet, till exempel vid brottsutredningar.
– Vi tog hjälp av Marie och hennes medarbetare för att genetiskt jämföra cellinjerna med varandra. Vi såg då att U87MG-linjen från ATCC hade en annan DNA-profil än den ursprungliga cellinjen i Uppsala, säger Bengt Westermark.
Hade en annan DNA-profil än den ursprungliga
När cellinjen etablerades på sextiotalet sparades material från ursprungstumören i form av tunna snitt på mikroskopglas. Med en mycket känslig typ av DNA-analys, som kan användas även när det bara finns små mängder DNA från gammal vävnad, kunde forskarna jämföra de båda nuvarande cellinjerna med tumören som cellinjen etablerades ifrån.
– Jämförelsen visade att cellinjen i Uppsala var genetiskt identisk med den ursprungliga tumören medan U87MG-linjen från ATCC hade ett annat, okänt ursprung. Vi vet inget om när under den femtioåriga odlingen av U87MG-linjen som denna förväxling har skett men vi har i alla fall kunnat visa att ATCC-linjen med största sannolikhet också kommer från en gliomtumör, säger Bengt Westermark.
Många vetenskapliga tidskrifter kräver att forskare som rapporterar experiment med cellinjer använder DNA-analyser för att påvisa de använda cellerna har korrekt ursprung. De nya fynden visar att en korrekt identifiering av en cellinje också behöver visa att cellinjens DNA-profil stämmer överens med den ursprungliga tumören. Det har stor betydelse om man vill hävda att cellinjen, och därmed forskningsresultaten, verkligen representerar den tumörtyp som den anges härstamma från.
Kontakt: Bengt Westermark, 018 471 4838, bengt.westermark@igp.uu.se.
Artikel: Allen M, Bjerke M, Edlund H, Nelander S, Westermark B. (2016) Origin of the U87MG glioma cell line: Good news and bad news. Science Translational Medicine.
