Big data i kampen mot prostatacancer

Trots intensiv forskning finns många obesvarade frågor kring prostatacancer som är en av de vanligaste cancersjukdomarna. Sjukdomen är mångfacetterad med flera undertyper samtidigt som det finns olika tillvägagångssätt för diagnostik och behandling. Vård och behandling varierar också länder emellan.

Det EU-finansierade projektet PIONEER samlar 32 partner från nio länder, och lanserades nyligen i Amsterdam. Från Sverige deltar bland andra Lunds universitet genom Anders Bjartell, professor i urologi och Susan Evans Axelsson, biträdande laboratorieforskare i samma forskargrupp.

– Tack vare storlek och innehåll har PIONEER möjlighet att på ett nytt vis samla och utveckla forskningen och vården inom prostatacancer både i enskilda länder och över landsgränserna, berättar Anders Bjartell, som även är biträdande projektkoordinator för PIONEER och överläkare vid Skånes universitetssjukhus.

Stora mängder kliniska patientdata och forskningsdata från flera länder länkas samman så att prostatacancerexpertis i Europa kan förbättra både diagnostik och behandling. Det ska bland annat ske genom att fylla kunskapsluckor när stora mängder data kombineras med avancerade metoder.

Patienter och experter prioriterade frågor
Innan projektet startade fastställdes vilka som är de viktigaste frågorna att lösa inom prostatacancer. Online-intervjuer med ett stort antal prostatacancerspecialister samt patientföreträdare och life science-industri i hela världen har genomförts. Därefter enades de olika företrädarna om vilka som är de fem toppfrågorna inom prostatacancer:

• Patientens genetiska profil – vilka är fördelarna med att bestämma den och koppla den till klinisk diagnostik (till exempel screening) och behandling?
• Vilka samband finns mellan förekomsten av biverkningar och olika typer av behandlingar?
• Hur utvecklas hälsan hos patienter med prostatacancer som ej är under behandling och hur påverkar parallella sjukdomar hälsan?
• Vilka tumör- och patientvariabler bör man ta hänsyn till vid beslut om behandling?
  Finns det fördelar med lokal tumörbehandling vid spridd prostatacancer?

Letar upp fler databaser om det behövs
Lunds universitet har en central uppgift i projektet – och en av de svåraste enligt Anders Bjartell. Det handlar om att leda arbetet med att skapa tillgång till alla de databaser som ska kopplas samman och ge forskarna förutsättningarna att besvara frågorna ovan. En helt ny dataplattform i jätteformat ska skapas.

Över 50 kliniker och forskningsinstitut i olika länder med potentiellt intressanta data har identifierats och accepterat att bidra med patientuppgifter. Även flera stora läkemedelsbolag som gjort kliniska prövningar inom prostatacancer är med i projektet.

Till en början görs nu en närmare kartläggning av vilka data som finns i de olika databaserna. Därefter är det dags för prioritering och kontraktsförhandlingar för att få tillgång till de viktigaste datauppgifterna. En bedömning ska också göras om projektet behöver hitta ytterligare databaser.

Svar på frågan om överdiagnostik
Bland de redan identifierade databaserna återfinns de omfattande befolkningsstudierna Malmö Förebyggande Medicin (MFM) och Malmö Kost Cancer (MKC) som finns vid Lunds universitet och är flitigt använda inom medicinsk forskning.

Det finns stora förhoppningar på den kliniska nytta som projektet kan bidra med:

– Överdiagnostiken vid användning av PSA-test är idag en av de mest diskuterade frågorna i samband med prostatacancer. Här kan PIONEER tillföra värdefull kunskap, bland annat genom att undersöka betydelsen av patientens genetiska profil, menar Susan Evans Axelsson, som har en viktig roll i flera delprojekt.

Anders Bjartells forskargrupp driver sedan tidigare olika projekt som använder Big Data och artificiell intelligens inom prostatacancer.

Kontakt:
Anders Bjartell, biträdande projektkoordinator PIONEER, professor i urologi vid Institutionen för translationell medicin, Lunds universitet samt överläkare vid Skånes universitetssjukhus i Malmö, anders.bjartell@med.lu.se