Aspar mindre inavlade än människor

– Äntligen! Vi har verkligen haft en rörlig målbild, vi ville ta fram en resurs som skulle kunna vara maximalt användbar för alla som forskare inom trädbiologi, och därför har vi hela tiden tagit nya steg för att göra det bättre, säger Nathaniel Street, Umeå universitet, som på lett studien.

Denna vecka publicerar en grupp forskare från Sverige, Belgien, England, Italien, Norge och Sydkorea kartläggningen av genomet hos trädet asp, ett projekt visade sig vara mer komplicerat än vad man trodde och genom åren svällt betydligt.

Att kartlägga hela genuppsättningen, genomet, ger den kanske viktigaste pusselbiten för studier av en art, med tillgång till genomet underlättas så gott som alla typer av studier.

Det var 2008-2009 som en liten grupp svenska forskare på Umeå Plant Science Centre tog sig an utmaningen att kartlägga genomet hos asp (Populus tremula). Trots att inget så omfattande genomprojekt då genomförts i Sverige hoppades man att klara av det; nya, billigare och kraftfullare tekniker hade precis blivit tillgängliga och man hade gjort ett par pilotstudier som bland annat visat att den genetiska variationen inom arten asp var enorm. Varje asps två föräldrar var i genomsnitt lika genetiskt olika som en människa och en schimpans.

Trädet som valts ut för kartläggningen växer på Umeå universitets/SLUs campus, och har redan studerats sedan 1999. Forskarna fick snabbt lovande resultat men det stod också tidigt klart att man inte kunde använda genomet av den närbesläktade jättepoppeln som referens, vilket hade gjort projektet enklare.

Projektet växte och fler personer och forskargrupper kopplades in och nu när resultatet  publiceras i tidskriften Proceedings of the National Academy of Sciences, PNAS, har 27 forskare från sex länder deltagit. 24 individer av europeisk asp, 22 av amerikansk asp (Populus tremuloides) och, som referens, 24 jättepoppel-individer har kartlagts vilket gjort det möjligt att förstå hur arterna utvecklats och anpassats till olika miljöer.

– Den största utmaningen i arbetet, förutom att projektet inte haft någon långsiktig budget, har varit att få ordning på de delar av genomet som inte består av gener, säger Nathaniel Street.

Aspar mindre inavlade än människor

De verkliga generna var man klara med väldigt tidigt i projektet men när DNA-sekvensen mellan generna skiljer sig så mycket mellan de två kopior varje individ har av samma segment – en som ärvts från mamman och en från pappan – som de gör när man studerar asp fungerar inte många av de metoder som utvecklats för att till exempel studera genomet hos oss människor, som i jämförelse med aspar är väldigt inavlade.

– Vi kunde till exempel i våras visa vilken gen som verkar vara den viktigaste för aspens anpassning till vårt nordiska klimat. Detta och många andra av våra arbeten de senaste fem åren bygger helt på detta projekt. Det här är en verklig milstolpe, den enorma variationen inom arten asp är en fantastisk resurs för att förstå evolutionen, genomsekvensen ger oss verktygen för att använda den, säger professor Pär Ingvarsson, som under resans gång flyttat till SLU i Uppsala.

– Samtidigt som det tagit lång tid att finna alla gener i asp har projektet hela tiden levererat spin-offs. Utan detta projekt skulle det gigantiska arbetet med att sekvensera granens genom, som publicerades 2013, inte ha kunnat startas. De databaser inom växtgenomik som vi levererat och uppdaterat används i dag världen över, säger Stefan Jansson, professor vid Umeå universitet, som startade projektet 2009.

Studien:

Yao-Cheng L. et al: Functional and evolutionary genomic inferences in Populus through genome and population sequencing of American and European aspen. PNAS.

Kontakt:

Universitetslektor Nathaniel Street, UPSC, Institutionen för fysiologisk botanik, Umeå universitet, nathaniel.street@umu.se
Professor Pär K Ingvarsson, UPSC, Institutionen för växtbiologi, SLU
par.ingvarsson@slu.se
Professor Stefan Jansson, UPSC, Institutionen för fysiologisk botanik, Umeå universitet
stefan.jansson@umu.se