Ny förståelse av bakteriers snabba tillväxtförmåga
Med hjälp av datorprogram och statistik har Uppsalaforskarna David Ardell och Leif Kirsebom kunnat visa att tillväxthastigheten hos en vanlig bakterieart kan kopplas till hur olika grupper av gener uttrycks i cellerna och var de ligger i genomet. Resultaten publiceras i det första numret av den vetenskapliga tidskriften PLoS Computational Biology.
För tio år sedan gjordes vid Uppsala universitet den dittills mest fullständiga studien av hur koncentrationen av tRNA i bakterieceller varierade med olika tillväxthastighet. tRNA är nödvändigt för proteinsyntesen och studien utfördes på bakterien E. coli, en av våra vanligaste tarmbakterier. Sedan dess har E. colis hela arvsmassa kartlagts, vilket öppnat nya möjligheter att studera den bakomliggande processen.
Syftet med den nu publicerade studien var att förstå hur och varför tRNA varierar med tillväxthastigheten, vilket skulle kunna öka förståelsen av vad som driver bakteriernas snabba anpassnings- och tillväxtförmåga. Forskarna använde datorprogram och statistik för att förutse vilka tRNA-gener som uttrycks tillsammans i bakteriernas arvsmassa och hur mycket dessa gengrupper uttrycktes vid olika tillväxthastigheter. De fann ett samband mellan gengruppernas placering i genomet och hur de uttrycktes.
– Arbetet är ett steg framåt när det gäller förståelsen av hur bakteriers anpassning till snabb tillväxt går till rent fysiologiskt men också av de evolutionära förutsättningar som gjort detta möjligt. Vi kommer att försätta studera den frågan med hjälp av genomet hos andra bakterier inklusive de som orsakar sjukdomar, säger David Ardell.
Studien innebär också ett framsteg för användningen av statistiska metoder och datorkraft för att få en bild av hur en organism lever.
Arbetet publiceras i Public Library of Science (PLoS) Computational Biology, en ny vetenskaplig tidskrift som tillämpar så kallad open access, vilket innebär att rönen är fritt tillgängliga på internet och att författarna har upphovsrätten till sina artiklar. Public Library of Science är en organisation som publicerar flera vetenskapliga tidskrifter, av vilka den första var PLoS Biology, som har blivit mycket ansedd.
Länk till Public Library of Science: www.plos.org
Kontaktinformation
David Ardell, tel: 018-471 66 94, 070-628 41 19 eller via e-post: Dave.Ardell@lcb.uu.se och Leif Kirsebom, tel: 018-471 40 68.
