Unik kartläggning av genetiska stavfel som ökar risk för vanlig cancer

Resultaten publiceras i fem artiklar i ett temanummer om genetiska riskfaktorer för cancer i den ansedda vetenskapstidskriften Nature Genetics. Artiklarna kommer från COGS (Collaborative Oncological Gene-environment Study), ett EU-baserat samarbete där fler än 160 forskargrupper från hela världen ingår totalt. I de fem COGS-studierna ingår 100 000 patienter med bröst-, äggstocks- eller prostatacancer och lika många friska individer.

Forskarna har gjort genetiska analyser av samtliga studiedeltagare. I analysen har sammansättningen av kvävebaserna A, G, C och T studerats på 200 000 utvalda avsnitt av DNA-strängen. När cancerpatienterna hade förändringar som signifikant skilde sig från de friska kontrollpersonernas ansågs de vara relevanta för sjukdomens uppkomst. Förändringarna kan beskrivas som genetiska ”stavfel”, där ett A, G, C eller T bytts ut mot någon annan bokstav. Denna typ av stavfel kallas på engelska single nuceleotide polymorhism, SNP, som uttalas som ”snipp”.

I de aktuella studierna har forskarna identifierat totalt 49 genetiska stavfel eller SNP som påverkar risken för bröstcancer, vilket är mer än dubbelt så många än vad som tidigare var känt. När det gäller prostatacancer har forskarna upptäckt ytterligare 26 förändringar, vilket innebär att totalt 78 SNP i dag kan kopplas till sjukdomen. För äggstockscancer hittades 8 nya relevanta SNP.

– Ett lika viktigt fynd är att vi kunnat beräkna hur många ytterligare SNP:ar som bör påverka risken för bröstcancer respektive prostatacancer, ungefär ett tusental respektive 2 000. Vi har dessutom en bild av var i genomet vi bör leta i kommande studier, säger Per Hall, professor vid Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik på Karolinska Institutet samt koordinator för EU-nätverket COGS.

Alla individer bär på SNP: ar, det är en del av vårt naturliga arv. Hur det påverkar individen beror på var på DNA-strängen förändringen sitter. Forskarnas förhoppning är nu att kunna värdera betydelsen av de nu identifierade avvikelserna, så att det ska bli möjligt att tydligare förutsäga vilka individer som löper hög risk att få någon av dessa cancersjukdomar.

– När det gäller risk för hjärt-kärlsjukdom vet vi att högt blodtryck är en riskfaktor och därför behandlar vi det i förebyggande syfte med läkemedel i dag. Jag tycker vi bör diskutera om vissa kvinnor med mycket hög risk för bröstcancer bör medicinera i preventivt syfte, till exempel med tamoxifen, som i dag ges i återfallsförebyggande syfte, säger Per Hall.    

Samtidigt med de fem studierna i Nature Genetics publicerar tidskriftsförlaget Nature Publishing Group två studier som utgår från COGS-samarbetet i tidskriften Nature Communications. Ytterligare fem studier kommer att publiceras simultant i samarbete med andra tidskrifter, totalt alltså tolv studier från COGS. Studierna har delvis olika finansiärer, men COGS-projektet som helhet får mycket pengar genom EU:s sjunde ramprogram. Därutöver har bland andra Märit och Hans Rausings initiativ mot bröstcancer, Svenska Vetenskapsrådet, Cancer research UK och Cancer Risk Prediction Center (CRisP) bidragit med pengar till den svenska delen av studien.

Fem publikationer i Nature Genetics:
• ”Identification of 23 new prostate cancer susceptibility loci using the iCOGS custom genotyping array”, Eeles et al, doi: 10.1038/ng.2560
• ”GWAS meta-analysis and replication identifies three novel susceptibility loci for ovarian cancer”, Pharoah et al, doi: 10.1038/ng.2564
• ”Multiple independent variants at the TERT locus are associated with telomere length and risks of breast and ovarian cancer”, Bojesen et al, doi: 10.1038/ng.2566
• ”Genome-wide association studies identify four ER-negative specific breast cancer risk loci”, Garcia-Closas et al, doi: 10.1038/ng.2561
• ”Large-scale genotyping identifies 41 new loci associated with breast cancer risk”, Easton et al, doi: 10.1038/ng.2563
Nature Genetics, online 27 March 2013.