Livspusslet på atomnivå
Det krävs bara ett fåtal mutationer av en enzymgen, för att enzymet ska få en helt ny funktion. Upptäckterna visar att det är mycket svårt att förutsäga vilken potential ett existerande enzym med en viss funktion har att utveckla en ny aktivitet, menar Dan I. Andersson, professor vid Uppsala universitet, en av forskarna bekom en studie av enzym från atom- till cellnivå.
I studien har forskarna studerat de specifika förändringar som sker i ett protein när det utvecklas från sin ursprungliga funktion till att utföra en ny enzymatisk funktion, eller till att kunna kombinera de båda. De nya proteinerna som studerats i det aktuella arbetet evolverades fram i tidigare studier (PNAS 2007, Science 2012) där bakterier var beroende av den nya funktionen för att kunna växa.
Proteiner delades i tre grupper efter de olika funktionerna. Samtliga renades från bakterier och studerades med avseende på sin struktur på atomnivå (röntgenkristallografi), sin dynamik (NMR), sin prestanda (kinetikmätningar) och sin koncentration i cellen (masspektrometri).
Nya funktioner med små medel
– Vår studie visar att den nya funktionen hos enzymet HisA utvecklades genom att de rörliga delar av enzymet som måste öppnas och stängas på ett specifikt sätt kring substratet, nu istället stängdes på ett annat sätt kring ett annat substrat.
– Enzymvarianter som kunde utföra två funktioner i cellen var mer rörliga, så de två substraten kunde tävla om enzymets ”uppmärksamhet” och utnyttja de två olika varianterna av stängt enzym för att omvandlas till produkt, säger Maria Selmer, professor vid Uppsala universitet och en av studiens huvudansvariga.
Enzymer kunde också förlora den ursprungliga aktiviteten genom förändringar som gjorde enzymet mindre rörligt eller bara tillät det nya, mindre, substratet att binda.
– Den här typen av proteinstruktur (så kallad ”(βα)8-tunna”) är en av de vanligaste hos enzymer. Våra resultat ger exempel på hur nya funktioner kan utvecklas med relativt små förändringar, säger Annika Söderholm, doktorand vid Uppsala universitet och medförfattare av studien.
Enzymerna har överkapacitet
Den aktuella studien från atom- till cellnivå är en av de mest detaljerade analyser som gjorts av ett enzym som utvecklats till att ha en ny funktion och den har gett oss många nya och oväntade insikter. Till exempel verkar de studerade enzymerna ha en ”överkapacitet” så att enzymets aktivitet är högre än det behöver vara för att bakteriecellerna ska kunna växa med normal hastighet.
– Det är anmärkningsvärt att så många olika typer av mutationer kan leda till en ny effektiv funktion. Det betyder också att vi just nu har mycket svårt att förutsäga vilken potential ett existerande enzym med en viss funktion har att utveckla en ny aktivitet, säger Dan I. Andersson, professor vid Uppsala universitet som också arbetat med studien.
Studien som letts av forskare vid Uppsala Universitet tillsammans med kollegor vid Linköpings Universitet och Otago University i Nya Zeeland och som publiceras i den vetenskapliga tidskriften PNAS.
Forskningen har finansierats av Vetenskapsrådet.
Studien: Newton M. et al., ”Structural and functional innovations in the real-time evolution of new (βα)8 barrel enzymes”, PNAS, 17 april 2017, DOI10.1073/pnas.1618552114
Kontakt: Maria Selmer, professor vid institutionen för cell- och molekylärbiologi, maria.selmer@icm.uu.se, 018-471 4177. Dan I. Andersson, professor vid institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi, dan.andersson@imbim.uu.se; 018-471 4175, 070-1679077
