SLU:are får eftertraktad genhjälp
Två SLU-projekt är de enda svenska bland de 40 utvalda som beviljats gratis genkartläggning av över 400 ansökningar från hela världen. Det är det amerikanska Energidepartementets ”Joint Genome Institute” som ska utföra sekvenseringen.
Professor Jan Stenlid vid institutionen för skoglig mykologi och patologi och professor Janet Jansson vid institutionen för mikrobiologi vid SLU, har nyligen beviljats hjälp med gensekvensering i sina projekt. Jan Stenlids projekt rör rotröta på barrträd och Janet Janssons handlar om aktinobakterier, som kan leva på höga halter av giftiga fenolämnen och bryta ner dessa till ofarliga metaboliter.
– Det känns oerhört stimulerande att vi lyckats få denna möjlighet i hård internationell konkurrens, säger Jan Stenlid.
-Om cirka ett år kommer vi att få tillgång till kunskap om arvsmassan hos rotrötesvampen Heterobasidion annosum. Detta ger oss möjlighet att angripa ett gammalt problem med helt modern teknik. säger Jan Stenlid.
– Vi kommer att få reda på mekanismerna bakom ”våra” aktinobakteriers (Arthrobacter chlorophenolicus och Micrococcus luteus) goda förmåga att bryta ner giftiga fenolämnen i mark, säger Janet Jansson. Det kan ge nyckeln till biologisk sanering av förorenad mark.
Den kunskap som ”Joint Genome Institute” (JGI) tar fram för SLU:s räkning kommer inte exklusivt att bli SLU:s. De nya rönen kommer att spridas till andra forskare vid ”work-shops” och andra typer av möten. För JGI, som är knutet till Energidepartementet i USA, är målsättningen att utveckla energi- och miljöområdet.
LÄS MER OM DE TVÅ PROJEKTEN:
Rotrötesvampens gener kartläggs
—————————————
Två miljoner kronor per dag förlorar svenska skogsägare för skador som orsakas av rotröta. Det är i första hand barrträd som drabbas, merparten finns i södra Sverige och det är svampen Heterobasidion annosum som är boven i dramat.
Nu kommer svampens hela genom (arvsmassa) att kartläggas vid ”Joint Genome Institute” (JGI) i USA, och detta på uppdrag av institutionen för skoglig mykologi och patologi vid SLU. Genomsekvenseringen kommer att utföras av JGI:s personal helt utan kostnad för SLU, vilket kan värderas till cirka 10 miljoner kronor.
Rotröta hos barrträd är ett gissel för skogsägare över hela landet. De angripna träden tappar i tillväxt och virket förlorar starkt i värde genom rötangreppet. Främst drabbas träd som vuxit i ca 30 års tid och merparten finns på kalkrik åkermark i södra den av Sverige. Svampen infekterar nyligen avverkade stubbar och letar sig sedan via rötter vidare till närstående träd. Avverkning på vintern minskar problemet för spridning.
Trots att forskning kring problemet har bedrivits under lång tid, har det varit svårt att hitta de grundläggande orsakerna till svampens beteende och behov. Olika metoder har använts för att förhindra rotrötans utbredning. Den senaste är en biologisk bekämpning direkt efter avverkning.
– Inom institutionen hade vi tankar på att köpa in tjänsten för sekvensering av svampen från något utländskt företag för att komma vidare med forskningen, men det slipper vi nu. Genom den här unika möjligheten till en mycket snabb sekvensering enligt ”hagelsvärmsmetoden” spar vi massor av arbetstid. Vi kommer också att kunna göra bra grundforskning om svampen och de träd den angriper.
Rotrötesvampen som institutet inom kort ska börja sekvensera har även en positiv egenskap. Den kan genom sin oxidativa förmåga användas för att rena mark där det skett någon form av utsläpp av olja eller andra föroreningar. Svampen har en förmåga att förbränna den typen av ämnen.
Varför äter aktinobakterier gift?
————————————
Aktinobakterier är en grupp av bakterier som är känd för sin förmåga att bryta ner en mängd toxiska kemikalier. De kan troligen användas för biologisk sanering av förorenad jord.
Professor Janet Janssons forskargrupp vid institutionen för mikrobiologi, SLU i Uppsala, har isolerat en ny stam av aktinobakterier från jord. Den här aktinobakterien, som de har gett namnet Arthrobacter chlorophenolicus, har den unika förmågan att kunna leva på höga halter av toxiska fenolämnen, som klorfenol och nitrofenol, och att bryta ner dessa till ofarliga metaboliter. A. chlorophenolicus kan även fungera som en ymp, dvs. bakterier som tillsätts för att sanera giftbemängd jord.
Aktinobakterier är också synnerligen väl anpassade till att överleva i jord under svält och i kyla utan att bilda sporer. Detta har stor betydelse för biosanering av kontaminerad jord i områden med kallt klimat, som exempelvis Sverige.
JGI har nyligen beviljat Janet Janssons ansökan för genomsekvensering av A. chlorophenolicus och en närbesläktad stam av aktinobakterier, Micrococcus luteus. Värdet av kartläggningen är ca 2 miljoner kronor:
Motiveringen till beslutet är att aktinobakterier har en stor kapacitet för nedbrytning av olika kemikalier men att mekanismerna är relativt okända. Det beviljade projektet koordineras av Janet Jansson och är ett samarbete med professor Charles Greenblatt från Hebrew-universitetet i Israel. Han har under många år studerat Micrococcus luteus.
Kontaktinformation
MER INFORMATION:
Om rotröta: Jan Stenlid, professor vid institutionen för skoglig mykologi och patologi, SLU
Jan.Stenlid@mykopat.slu.se, mobil: 070-760 70 59
Om aktinobakterier: Janet Jansson, professor vid institutionen för mikrobiologi, SLU
Janet.Jansson@mikrob.slu.se, mobil: 070-827 67 67
”Joint Genome Institute” (JGI)
Pressmeddelandet på engelska på JGI:s webb
Hela listan på CSP-projekt 2007
