Den hittills största kartläggningen av funktionell genetisk variation
I samarbete med flera europeiska forskningsinstitut presenterar forskare från Uppsala universitet en karta över genetiska orsaker till olikheter mellan människor. Studien, som publiceras i de vetenskapliga tidskrifterna Nature och Nature Biotechnology, beskriver den hittills största mängden data som länkar samman variationer i människans genom (DNA) med genaktivitet på RNA-nivå.
Att förstå hur varje människas unika genom påverkar deras mottaglighet för sjukdomar är en av de största vetenskapliga utmaningarna idag. Genetikerna studerar hur olika typer av genprofiler leder till aktivering eller inaktivering av gener hos olika individer, vilket sedan kan öka risken för sjukdomar.
Mer än femtio forskare från nio olika europeiska forskningsinstitut ligger bakom studierna som presenteras idag. I studierna har forskarna mätt genaktivitet (genuttryck) genom att sekvensera RNA i celler från 462 olika individer från olika europeiska länder. Den kompletta genomsekvensen från dessa personer har redan tidigare publicerats som en del av det projektet som kallas ”1000 Genomes Project”. Den studie som nu publiceras möjliggör en funktionell tolkning av denna viktiga katalog över den genetiska variationen hos ett stort antal individer.
Studiens koordinator, Tuuli Lappalainen från universitetet i Geneve, menar att forskarna överraskades av hur omfattande den genetiska variationen som reglerar aktiviteten för de flesta av våra gener verkar vara. Hon poängterar att det istället för att endast undersöka individuella gener är viktigt att få en förståelse för de generella principerna för hur människans genom fungerar.
Kunskapen om vilka genetiska varianter som är ansvariga för skillnaderna i genaktivitet mellan olika individer kan ge värdefulla ledtrådar till diagnostik, till att förutspå kliniskt utfall och för behandlingen av olika sjukdomar. Att förstå de cellulära konsekvenserna av den genetiska variation som ökar sjukdomsrisken hjälper forskarna att förstå de molekylära mekanismerna bakom våra sjukdomar. Detta är av yttersta vikt för att utveckla behandlingsmetoder i framtiden.
Allt data från studien finns fritt tillgängligt via det europeiska arkivet för funktionsgenomiskt data vid det europeiska bioinformatikinstitutet (EMBL-EBI). Öppen tillgång till datamaterialet och resultaten gör det möjligt för alla forskare att analysera det på nya sätt.
De två artiklarna som publiceras idag baserar sig på arbete inom EU-projektet Geuvadis (Genetic European Variation in Health and Disease). RNA-proverna sekvenserades bland annat vid SNP&SEQ-teknologiplattformen i Uppsalas om är en del av ScilLifeLab. Bioinformatiker från Uppsala universitet deltog i den internationella data-analysgruppen. Gruppen i Uppsala hade en särskilt viktig roll vid utvärderingen av datakvaliteten, vilket presenteras i mer detalj i artikeln i Nature Biotechnology.
– Vår studie visar att det är möjligt att få fram samma resultat i flera olika laboratorier, förutsatt att man använder sig av standardiserade laboratoriemetoder. Det visar att den nya, så kallade ”nästa generationens” sekvenseringsteknologi mycket väl lämpar sig för stora nationella eller internationella samarbetsprojekt” säger Ann-Christine Syvänen, professor i molekylär medicin vid Uppsala universitet, som ledde den del av studien som gjordes i Uppsala.
Referenser: Nature (DOI: 10.1038/nature12531) och Nature Biotechnology (DOI: 10.1038/nbt.2702)
