Norrländskt blod i jakt på sjukdomsgener
Genom att skapa en databas över genetiska varianter i Västerbotten, kan forskare reducera antalet sjukdomsbärande genvarianter till en handfull som sedan kan studeras i detalj. Detta kan göra det enklare att bland annat spåra underliggande genetiska orsaker till flera olika cancertyper.
Det är med så kallad DNA-sekvensering som arvsmassan kartläggs. På samma sätt som varje människa har ett unikt fingeravtryck, har varje individ en unik sekvens, en kedja av DNA-element som tillsammans bildar arvsmassan, genomet.
När den nya tekniken för DNA-sekvensering utvecklades, blev det möjligt att relativt enkelt sekvensera hela arvsmassan hos en människa. Optimismen var då stor för att man skulle kunna identifiera orsaken till de flesta ärftliga sjukdomar. Det visade sig dock svårt i praktiken, eftersom den genetiska variationen mellan människor är mycket stor även i ett begränsat område som Sverige.
Trots olika metoder för att statistiskt selektera bort genetiska varianter som antogs inte kunde koppla till sjukdomar, fanns det tiotusentals genetiska varianter kvar.
Testade på individer fria från ärftlig cancer
Det forskarna nu har gjort är att angripa frågan från andra hållet. De valde ut 300 individer fördelade över Västerbotten, som inte diagnostiserats med cancer vid 80 års ålder. Genom att de kunde betraktas som relativt fria från ärftlig cancer, kunde de användas som en frisk kontrollgrupp. Man gjorde DNA-sekvensering av hela arvsmassan för dessa 300 personer.
Detta jämfördes med DNA hos en familj i samma geografiska område med en form av tjocktarmscancer som bedöms kunna vara ärftlig. Forskarna kunde då begränsa antalet till bara 26 genetiska varianter som förekom i den cancerdrabbade familjen men inte i hela kontrollpopulationen. Detta antal varianter är en hanterlig mängd för att kunna gå vidare och studera i detalj.
– Vi kan se att metoden med en regional kontrollpopulation är helt avgörande för att kunna begränsa de genvarianter som kan ge ärftlig cancer. Den här databasen kan nu vara till nytta för andra familjer med andra ärftliga sjukdomar i regionen, säger Erik Johansson, professor i medicinsk biokemi vid Umeå universitet.
Underlaget till studien kommer från det blod som västerbottningarna lämnar i Västerbottens hälsoundersökningar.
Studien är publicerad i den vetenskapliga tidskriften Plos One.
Kontakt:
Beatrice Melin, Professor, Institutionen för strålningsvetenskaper, Umeå universitet, beatrice.melin@umu.se
Erik Johansson, professor, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik, Umeå universitet, erik.tm.johansson@umu.se
Studien:
A geographically matched control population efficiently limits the number of candidate disease-causing variants in an unbiased whole-genome analysis (Pall I. Olason, Olle Sjöström, Carin Nylander, Pia Osterman, Rickard Sjögren, Sergiu Netotea, Carl Wibom, Kristina Cederquist, Andrei Chabes, Johan Trygg, Beatrice S. Melin, Erik Johansson). PLOS ONE.
