Uråldriga dna-sekvenser hittade hos svenskar
Människor – mer specifikt just svenskar – är mer lika schimpanser än vad som tidigare varit känt. En genetisk kartläggning av tusen svenska individer avslöjar nya dna-sekvenser som är både uråldriga och välspridda – och bör ingå i referensgenomet.
Kartläggningar av den totala arvsmassan hos en individ kallas helgenomsekvenseringar. Det är fortfarande relativt ovanligt inom sjukvården i dag, men det sker allt oftare, till exempel för att ställa en korrekt diagnos vid en sällsynt sjukdom. En genetisk kartläggning av en individ jämförs rutinmässigt med ett så kallat referensgenom, en beskrivning av den mänskliga arvsmassa som anses vara ”standard”. Vid en sådan jämförelse brukar ungefär 5 miljoner avvikelser hittas. De flesta är utan större betydelse, men en del av dem kan orsaka sjukdomar eller funktionsnedsättningar.
Nu har forskare vid Karolinska Institutet, i samarbete med Uppsala universitet, samlat in analyser av hela arvsmassan för tusen svenska individer och för var och en ringat in de avsnitt som inte matchar med referensgenomet. I nästa led har forskarna analyserat just denna icke matchande arvsmassa. I det arbetet identifierades 61 000 dna-sekvenser, vilket är en volym som motsvarar ungefär en hel kromosom. Dessa nya sekvenser, som alltså inte ingår i dagens referensgenom, påverkade drygt 80 gener, av vilka ett tiotal är kopplade till olika sjukdomar.
Uråldrigt och välspritt dna
Forskarna gick sedan vidare med ytterligare analyser av dessa nya sekvenser. De jämfördes med arvsmassebibliotek som finns för schimpanser, för den afrikanska populationen samt för islänningar. Och det arbetet gav napp – det visade sig att dessa nya sekvenser, identifierade i tusen svenska individer, till stor del återfinns i samtliga dessa populationer. Det betyder dels att de är mycket gamla, dels att de är välspridda i den mänskliga populationen.
– Den icke identifierade arvsmassa som vi tidigare inte har kunnat matcha mot referensbiblioteket vid helgenomsekvenseringar, visade sig alltså vara normala varianter av vår arvsmassa, i många fall uråldrig. Det här visar att det mänskliga genomet är mer heterogent än vad vi tidigare känt till och som en följd behöver vi uppdatera vårt referensgenom. Men det visar också att vi är mer lika schimpansen än vad vi tidigare trott och att djupare studier av schimpansens arvsmassa är nödvändigt för att förstå människans genetiska mångfald, säger Jesper Eisfeldt, civilingenjör med inriktning mot bioteknik samt doktorand vid enheten för sällsynta diagnoser vid institutionen för molekylär medicin och kirurgi på Karolinska Institutet.
Vetenskaplig artikel:
Discovery of novel sequences in 1000 Swedish genomes. Jesper Eisfeldt, Gustaf Mårtensson, Adam Ameur, Daniel Nilsson och Anna Lindstrand. Molecular Biology and Evolution, online 24 september 2019
Kontakt:
Jesper Eisfeldt, civilingenjör med inriktning mot bioteknik samt doktorand, Karolinska institutet, jesper.eisfeldt@ki.se
Anna Lindstrand, biträdande överläkare, docent, Karolinska institutet, anna.lindstrand@ki.se
